合筆するには両方の土地の登記簿に記載されている事項が一定の条件で一致しないと行うことが出来ません。

次のような条件の場合合筆することが出来ませんのでご注意下さい。（不動産登記法４１条）
①所有者の名義が異なる場合
②地目を異にする場合
③地役権の登記がある要益地の場合
④持分が異なる共有土地の場合
⑤制限的権利の有する土地、所有権の登記のない土地の場合
⑥無効登記の存する土地の場合
⑦共同抵当の関係にあって、登記原因や受付番号を異にする土地の場合
⑧仮登記のある土地の場合
⑨予告登記のある土地の場合
⑩字（あざ）を異にする土地の場合
⑪接続しない土地の場合

合筆しようとする土地の上に土地の所有者以外の建物登記があった場合、借地借家法10条により、賃借人は借地上に自己の建物を建て、その登記をすれば土地に対して、賃借権の登記がなくても、土地の賃借権を第三者に対抗することができます。これは土地の登記簿に全く記載されていなくても、建物の登記簿の記載によって、合筆して土地が広がると、合筆した土地全部に賃借権が及んでしまうと誤認させてしまう可能性が有りますので注意しなければなりません。